Bunnahabhain (gesprochen: Bunnahejwen) bedeutet aus dem Schottisch-Gälischen übersetzt Flüssmündung. Dies mag der Lage, welche an der Mündung des Flusses Margadale, abgeschieden im Nordosten der Insel Islay liegt geschuldet sein.
Die Brennerei wurde 1881 von James Ford, James Greenlees und William Robertson gegründet und bereits 1887 vereinte man sich mit der Speyside-Brennerei Glenrothes zu den Highland-Distillers. So konnte man von Schließungen verschont über 100 Jahre Malt Whisky für verschiedene Blending Häuser produzieren. Nur von 1930 bis 1937 war die Brennerei kurzzeitig geschlossen. 1963 wurde die Brennerei auf vier Stills erweitert. Das war auch das Jahr in dem erstmals eine Single Malt Abfüllung der Brennerei angeboten wurde. Bis in die 70er Jahre war Bunnahabhain Whisky bei Blendern so beliebt, dass er so gut wie kaum lieferbar war. Im Zuge einer Neuordnung wegen einer drohenden Schließung übernahm 2003 das Spirituosenunternehmen „Burn Steward Distillers“ die Brennerei.
Bunnahabhain Whiskys zeichnen sich dadurch aus, dass sie für die Insel Islay eher untypisch sind. Sie sind fruchtig, leicht maritim und nur wenig rauchig. Die Reifung findet teilweise in Sherry-Fässern statt, welche durch die Nähe zum Meer einen schönen Einschlag von Meer und Salz erhalten.
Bekannte Abfüllungen der Brennerei sind der 12-jährige Single Malt Whisky und der 18 jährige.