Die Glenkinchie Distillery, eine der wenigen verbliebenen Brennereien in den schottischen Lowlands, hat eine lange und bewegte Geschichte.

Ihre Ursprünge reichen zurück ins Jahr 1825, als die Rate-Brüder in der Nähe eine Destillerie namens Milton eröffneten. 1837 errichteten sie eine größere Brennerei am heutigen Standort und nannten sie Glenkinchie, benannt nach der Familie de Quincey, den ursprünglichen Landbesitzern. Nach einem Konkurs im Jahr 1853 und einer zeitweiligen Nutzung als Sägewerk wurde die Whiskyproduktion erst 1881 wieder aufgenommen, als eine Gruppe von Investoren aus Edinburgh die Brennerei übernahm und unter der Leitung von Major James Grey bis 1890 erweiterte und modernisierte.

1914 schloss sich Glenkinchie mit anderen Lowland-Brennereien wie Rosebank, St Magdalene, Grange und Clydesdale zusammen, um Scottish Malt Distillers zu gründen. Diese Firma fusionierte 1925 mit DCL (Distillers Company Limited), das heute als Diageo bekannt ist. Die Malzerei von Glenkinchie blieb bis 1968 in Betrieb und wurde später in ein Museum umgewandelt, das ein maßstabsgetreues Modell einer arbeitenden Destillerie beherbergt, das 1925 für die British Empire Exhibition gebaut wurde.

Obwohl Glenkinchie lange Zeit vor allem für die Herstellung von Blended Whisky bekannt war, begann ihre Zeit als Single Malt-Marke erst 1998, als sie von Diageo als Lowland-Vertreterin in der Classic Malt Selection ausgewählt wurde.