Die 1833 von George Connell gegründete Destillerie liegt in den südlichen Highlands von Schottland. Tatsächlich wurde hier schon früher Whisky hergestellt, doch wegen der hohen Steuern geschah dies zunächst illegal. 1905 wurde die Brennerei von den Gebrüdern Lang aus Glasgow gekauft und mit dem heutigen Namen Glengoyne versehen.
Seit 2003 befindet sich das Unternehmen im Familienbesitz der Ian Macleod Distillers Ltd.. 90 % des Whiskys reifen in Ex-Sherryfässern aus Spanien. 10 % sind wieder aufbereitete schottische Fässer. Für den Whisky wird Wasser aus der Loch Carron Quelle verwendet.
Eine Besonderheit der Brennerei ist ihre Lage zwischen High- und Lowlands. Hier wir Highland Single Malt hergestellt, der zum reifen in Lagerhäusern in den Lowlands liegt.